Felülellenőrzésre három esetben kerülhet sor: egyrészről a pénzügyminiszter egy (NAV) ellenőrzéssel már lezárt időszak ellenőrzést rendeli el, továbbá az ÁSZ, illetve az önkormányzat képviselő-testülete (önkormányzati adóhatóság) ellenőrzéssel már lezárt időszak ellenőrzését kezdeményezte; másrészről az állami adó- és vámhatóság vezetője utasítást ad a korábban már lefolytatott ellenőrzés szakszerűségének és törvényességének felülvizsgálatára, harmadrészt az adóhatóság olyan, az adó megállapítását befolyásoló új tényről, adatról, bizonyítékról szerez tudomást, mely a korábbi adóellenőrzéskor nem volt ismert.
A jogszabály ezen esethez két további megjegyzést fűz, egyrészről az új tény, körülmény tipikus esetének minősíti a külföldi adóhatóság válaszát, amennyiben annak bevárása nélkül fejeződött be a korábbi adóellenőrzés, másrészről ezen új tény, adat, körülmény felmerülésétől számított 6 hónapon belül van lehetőség a felülellenőrzés elrendelésére.
Amennyiben a fentiekben rögzített eljárás keretében az kerül megállapításra, hogy a korábbi vizsgálathoz képest az adókötelezettség mértéke változik, abban az esetben a korábbi határozatot megváltoztatja, határozat hiányában pedig határozatot hoz.
A felülellenőrzés során hozott határozatok esetében a fellebbezés elbírálására jogult szerv a pénzügyminiszter, a fellebbezést pedig a NAV Elnökéhez kell benyújtani.
Gyakorlatban akkor kerül sor legtöbbször felülellenőrzés elrendelésére, amikor a korábbi áfa kiutalás előtti ellenőrzés nem tesz megállapítást, azonban a későbbiek során olyan új tény, körülmény birtokába jut az adóhatóság, mely a korábbi kedvező döntés megváltoztatását vetíti előre.
Felülellenőrzés, adóellenőrzés, jogkövetési vizsgálat elrendelése esetén keresse bizolommal irodámat az igénybe vehető jogorvoslati lehetőségek érvényesítése érdekében.