Az adóellenőrzések sajátos típusát képviselik az "operatív ellenőrzések", amikor az eljáró adóhatósági ellenőr, csak a szabálysértést követően fedi fel magát.
Az ellenőrzés célja legtöbbször a számla- nyugtaadási kötelezettség teljesítése, amely bár egyszerűnek hangzik, mégis sok vitára ad okot. Tekintettel arra, hogy az ellenőrök mindig ketten vannak, elég nehéz a ténymegállapításokkal vitába szállni, ugyanakkor a jegyzőkönyv átadását követően meginduló hatósági eljárás keretében lehetőség van az ellenőrzés jogszerűségét megkérdőjelezni, vagy az elsőfokú adóhatóság által kiszabott bírság mértékét vitatni.
Fontos, hogy az ilyen ellenőrzések során minden jogorvoslati lehetőséget igénybe kell venni, ugyanis nem az ellenőrzés során kiszabott bírság, vagy akár az üzletlezárás a legsúlyosabb következmény, hanem a - későbbiek folyamán - adóellenőrzés keretében végzett becslési eljárás.
A jogszabály szerint, amennyiben az adózó adott éven belül kétszer elmulasztja ezen kötelezetségét, abban az esetben az adóhatóság becslési eljárás keretében állapíthatja meg a "valós" adóalapot. A becslési eljárás sajátossága, hogy eltitkolt bevételek feltárására kerül sor, amelynek a megállapítása esetén 200 %-os adóbírság kiszabására kerül sor.
Fontos tehát, hogy amennyiben ilyen tipusú ellenőrzés során születik megállapítás, akkor a jogorvoslati lehetőségek széles körű igénybevétele elkerülhetetlen.